Du fait de sa structure associative et d’un taux d’autofinancement élevé, le Kunsthaus dispose d’une marge de manœuvre certaine dans l’élaboration et la réalisation de son programme. Son fonctionnement est assuré par environ 200 collaborateurs. Quant à la Fondation du Kunsthaus Zürich, elle est distincte de la Société zurichoise des beaux-arts. Lui incombent la conservation des biens immobiliers ainsi que la location d’espaces à des entreprises de restauration.